När Sitting Bull låg död på marken fortsatte några av hans följeslagare att göra motstånd mot indianpoliserna i en kort men intensiv strid. Under tiden sökte byns ungefär 300 invånare skydd i det närbelägna skogsområdet vid floden bakom Sitting Bulls stugor. Klockan 07.30 anländer så Fechet med sin militärstyrka och sporadisk skottlossning pågår ytterligare i två timmar. Senare på dagen beslutar de flesta som tillhörde Sitting Bulls band att lämna sina hem vid Grand River. De flyr söderut för att söka skydd i hövdingarna Big Foots och Humps läger vid Cheyenne River. Militären beslutar sig för att inte ta upp jakten på Sitting Bulls flyktingar. Inom en vecka hade dock hälften av flyktingarna återvänt till Standing Rock. Den 21 december kapitulerade ytterligare 168 män, kvinnor och barn vid Cheyenne River. Endast ett trettiotal män, kvinnor och barn nådde fram till Big Foots läger. Hur många av dem som dog två veckor senare vid Wounded Knee är okänt.

Även Sitting Bulls närmaste familj flydde reservatet, men de blev tvingade tillbaka till Standing Rock och hölls kvar där. Sommaren 1891 lämnade ungefär 200 hunkpapasiouxer, inklusive Sitting Bulls familj, Standing Rockreservatet och tog sig ner till Badlands i sydvästra Syd Dakota. Där levde de i tysthet i tre år tills tjänstemän besökte dem och skrev in dem som medlemmar i Pine Ridgereservatet.

Sitting Bull begravdes den 17 december i Fort Yates militärkyrkogård. Närvarande var James McLaughlin, tre officerare och fyra soldater. På nyårsafton 1890 begravdes offren i Wounded Kneestriden i en massgrav. Dagen efter ägde en liknande ceremoni rum i Sitting Bulls by vid Grand River när man placerade sju manskroppar, som dog med Sitting Bull, bredvid varandra i en gemensam grav. Missionären Thomas L. Riggs läste ur bibeln och när man hade täckt kropparna med tältduk skyfflade man igen graven med jord. Dessa kroppar hade lämnats kvar på marken i en hel vecka och hade börjat ruttna. Släktingar och vänner till de döda på Sitting Bulls sida var helt enkelt rädda för att återvända till platsen och begrava kropparna. När så prästen Riggs kom till platsen för att hålla en gudstjänst ordnade han med begravningen.

I mars 1908 skriver William Sitting Bull med familj i Pine Ridgereservatet, Sitting Bulls dövstumme son, ett brev till Inrikesdepartementet i en begäran att få återvända till Standing Rockreservatet. I ett svarsbrev av inrikesdepartementet avböjs Williams begäran. Man motivera beslutet med att referera till ett brev som var författat av James McLaughlin, och där han stark avråder från att låta William och hans familj återvända till Standing Rock med följande motivering:

“Med hänvisning till statliga dokument som visar att den kände indianen, Sitting Bull, fader till denne William Sitting Bull, var ett störande element och orsaken till så mycket problem i Standing Rockreservatet. Från början till slutet hade han en attityd som var till skada för indianerna han umgicks med. Skulle hans son nu överföras till Standing Rockreservatet är jag rädd för att faderns forna anhängare troligen skulle göra honom till ledare, och därigenom skapa osämja bland de forna anhängarna till Sitting Bull, som nu är vänligt sinnade och avancerar stadigt mot civilisationen. Sitting Bulls familj och ungefär 200 av hans följeslagare har lämnat Standing Rockreservatet då och då efter Sitting Bulls död under andedansoroligheterna 1890-1891, och blev så småningom inskrivna i Pine Ridgereservatet, där de sedan dess har varit bofasta. Jag tror att det skulle vara bäst för Sitting Bulls familj och utan tvekan bra för Standing Rockindianerna om William Sitting Bull önskade att bli kvart i Pine Ridge där han för närvarande lever och har levt de sista 17 åren."

Myndigheten var således inte villig till att låta William Sitting Bull och hans familj återvända till Standing Rockreservatet. William dog ett år senare, den 8 december 1909, vid en ålder av 42. Han ligger nu begravd i Pine Ridgereservatet.